Function reference
-
annotateData() - annotateData
-
generateQCreport_table() - genereateQCreport_table
-
getAllMetrics() - getAllMetrics
-
getCellTxFraction() - getCellTxFraction
-
getCellTypeCor() - getCellTypeCor
-
getClusterMetrics() - getClusterMetrics
-
getComplexity() - getComplexity
-
getCorrelation() - getCorrelation
-
getCorrelationExp() - getCorrelationExp
-
getEntropy() - getEntropy
-
getGlobalFDR() - getGlobalFDR
-
getMECR() - getMECR
-
getMaxDetection() - getMaxDetection
-
getMaxRCTD() - getMaxRCTD
-
getMaxRatio() - getMaxRatio
-
getMeanExpression() - getMeanExpression
-
getMeanSignalRatio() - getMeanSignalRatio
-
getMorans() - getMorans
-
getNcells() - getNcells
-
getPanelSize() - getPanelSize Get Panel Size from Expression Matrix or Seurat Object.
-
getPseudobulk() - getPseudobulk
-
getRCTD() - getRCTD
-
getSilhouetteWidth() - getSilhouetteWidth
-
getSparsity() - getSparsity
-
getTxPerArea() - getTxPerArea
-
getTxPerCell() - getTxPerCell
-
getTxPerNuc() - getTxPerNuc
-
plotARI() - plotARI
-
plotCellCount() - plotCellCount
-
plotCellTypeCor() - plotCellTypeCor
-
plotCellTypeProportion() - plotCellTypeProportion
-
plotCorrelation() - plotCorrelation
-
plotFractionTxInCell() - plotFractionTxInCell
-
plotMECR() - plotMECR
-
plotMaxExpression() - plotMaxExpression
-
plotMeanExpression() - plotMeanExpression
-
plotMetrics() - plotMetrics
-
plotMorans() - plotMorans
-
plotNMI() - plotNMI
-
plotRCTD() - plotRCTD
-
plotSampleLabel() - plotSampleLabel
-
plotSignalRatio() - plotSignalRatio
-
plotSilhouette() - plotSilhouette
-
plotTxPerArea() - plotTxPerArea
-
plotTxPerCell() - plotTxPerCell
-
plotTxPerCellNorm() - plotTxPerCellNorm
-
plotTxPerNuc() - Plot Transcripts Per Nucleus
-
readSpatial() - readSpatial
-
readTxMeta() - readTxMeta